Als Kartengrundlage für den Atlas dienen polnische und tschechische topographische Karten im Maßstab 1 : 50 000. Diese wurden mit 24bit-RGB-Farben und 300dpi Auflösung gescannt, georeferenziert und zu sieben Teilblöcken mosaiciert. Dabei entstand ein Datenbestand von über 2,5 GB, der mit dem Geographischen Informationssystem (GIS) TNTmips weiter bearbeitet wurde und als Basisdatensatz diente. Die Entwürfe der Biotopkartierungen (ca. 130 Kartenblätter auf Basis der topographischen Karten 1 : 25.000) wurden nach dem Scannen vektorisiert und georeferenziert. Durch die Anwendung von unterschiedlichen vektoriellen Filtermechanismen (Removing of Sliver Polygons, Dangling Lines, Bubbles) wurde die automatisch vektorisierte Datei bereinigt, so dass größere Editierungen vor allem in den Blattrandbereichen durchzuführen waren. Nach diesen Prozeduren wurden die Polygone zu einem homogenen Datensatz zusammengeführt und entsprechend dem Kartierungsschlüssel attributisiert.
Weitere Informationen betrafen Bioindikatorarten, die als unterschiedliche Punktobjekte aufgenommen wurden. Als Grundlage zur Datenaufnahme diente zunächst die aufbereitete topographische Kartenbasis (1 : 25 000), ausgedruckt wurden die Daten aber in einem kleineren Maßstab (1 : 500 000). Als Basis für diese Daten wurden die CORINE-LandCover-Daten verwendet, die im Rahmen eines PHARE-Projektes erstellt worden sind und u. a. für Polen verfügbar sind. Die vorhandenen 44 Landnutzungsklassen wurden in 7 Hauptklassen zusammengefasst und um einzelne Elemente ergänzt, die bereits bearbeitet worden sind.
Die Größe oder Dichte der Populationen der Bioindikatoren ist nicht gesondert kartographisch dargestellt. Die Ausnahme bilden Mittelspecht und Bekassine, für welche Symbole sowie auch Rasterflächen benutzt wurden. Die Rasterflächen bezeichnen die Gebiete, in denen die Arten in einer außerordentlichen Dichte brüten. Aus naturschutzfachlichen und praktischen Gründen wurden für die beiden Milanarten Polygone angewendet, um die Möglichkeit der genauen Lokalisierung der bedrohten Arten zu vermeiden.
Ergänzend zu diesen biologischen Daten wurden grundlegende wasserwirtschaftliche Daten (Deiche, Flusskilometer, Staustufen, Wehre etc., siehe auch Kapitel 9) sowie Schutzgebietsdaten z. T. digital von Behörden (RZGW, PIG, Povodi Odry a.s., LUA Brandenburg, IUS) übernommen oder im WWF-Auen-Institut digital aufbereitet (u.a. Grenze des natürlichen Überflutungsraumes).
Die beschriebenen Informationsbereiche sind neben der reinen Visualisierung teilweise auch Grundlage für Analysen zur Bewertung einzelner Räume bzw. von Flussabschnitten (s. folgendes Kapitel).