Als eine erste Grundlage zur Definition der Biotoptypen wurde der Kartierungsschlüssel für Biotoptypen in Niedersachsen (Drachenfels, 1994) verwendet. Durch unterschiedliche klimatische Bedingungen und Verbreitungsmuster von Pflanzengesellschaften im gesamten Odertal und durch die Anwendung eines gegenüber Niedersachsen unterschiedlichen Biotopkartierungsschlüssels im Bundesland Brandenburg (LUA, 1995) waren komplexe Rahmenbedingungen zu berücksichtigen und unterschiedliche Vorlagen zu integrieren (s. auch DVWK, 1997).
Mit Hilfe wichtiger Referenzwerke (Moravec et al.,1995; Matuszkiewicz, 1982; Schubert et al., 1995) und auf Basis der persönlichen Erfahrung der Bearbeiter wurde ein gesonderter, aber für regionale Vergleiche geeigneter Biotopkartierungsschlüssel erarbeitet. Dabei sind einige der zur Beschreibung der Biotoptypen verwendeten Pflanzengesellschaften geographisch nur auf den tschechischen oder nur auf den polnischen und deutschen Abschnitt begrenzt.
Um den Zustand der Auenlandschaft im Odertal zu bewerten, werden nur auentypische oder für Flussniederungen charakteristische Wald- und Offenlandbiotope erfasst und kartographisch dargestellt. Die übrigen Flächen des Untersuchungsgebietes, wie z.B. Gärten, Siedlungen, Industrieflächen, Felder, sonstiges Wald- und Grünland, wurden nicht gesondert behandelt. Um zwischen den natürlichen (Flüsse, Altgewässer, Seen und kleinere Stillgewässer) und künstlichen Binnengewässerbiotoptypen (überflutete Lehm-, Sand- und Kiesgruben, Teiche, Absetzbecken) zu unterscheiden, werden die künstlichen Gewässer differenziert dargestellt. Die Rückstaubereiche der Flusswehre sind in der Kategorie natürliche Gewässer berücksichtigt. Gesondert erfasst werden Pappel-Monokulturen, die im eigentlichen Sinn als Forste und nicht als natürliche Biotope anzusprechen sind.